該当のテーブルを空にした状態で以下のSQLを発行すれば戻ります。

ALTER TABLE `example_table` PACK_KEYS = 0 CHECKSUM = 0 DELAY_KEY_WRITE = 0 AUTO_INCREMENT = 1;

　InnoDBの場合は、起動時に max で auto_increment の値をとって、メモリ上に保存しておいて番号を振るらしいので、テーブルを空にして mysqld を再起動すればリセットされます。